21世纪之初，神秘组织”恶魔党”横空出世，他们突然向全世界发表宣战公告。此后仅仅17天的时间里，世界约莫一半的领土陷入毁灭之中。为了求得一线生机，人类将最后的希望寄托在蕴藏着不可思议力量的”石头”上。国际科学技术厅的南部博士（岸谷五朗饰）发现，每八百万人中才能找出一个能够最大限度引发石头能量的人来。经过层层严格选拔，鹫尾健（松坂桃李 饰）、乔治·浅仓（绫野刚饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木亮平饰）五人脱颖而出。他们自此失去人身自由，作为人类的最终兵器被强制安排在某设施内接受严苛的训练。            紧张的训练过后，鹫尾等人组成的科学小飞侠闪亮登场，拥有强大力量的他们即将和入侵者展开连番殊死较量……