韦小宝（周星驰饰）与神龙教圣女龙儿结仇，龙儿回到圣坛易容（变成了林青霞），并接任了教主之职、韦小宝奉皇上旨意，到云南安抚即将造反的吴三桂父子，路上被独臂神尼、神龙教、天地会、云南王等多方势力挟持终得化险为夷、还赢得了包括龙儿在内的众多姑娘的芳心。韦小宝到达云南并顺利地打击了吴三桂父子，回到京城受到皇帝赏识，但由于此时韦小宝身份过于复杂，韦小宝得到了《四十二章经》的启示，找到了满清宝藏，为皇上除掉了坏人，荣归故里。