男女逆转诞生三十年后的元禄年间，才貌双全的第五代将军纲吉（菅野美穗）精于治世，迎来了德川统治的全盛时期。但不久后，纲吉失去了独生女，正当她专注于孕育下一代继承人之际，大奥内正室和侧室之间的派系斗争愈演愈烈，四处都弥漫着男宠们的阴谋。此时，出身贫寒公家，却才智过人、野心勃勃的右卫门佐（堺雅人）进入大奥。他穿过权力争斗，最终赢得纲吉的信任，成为大奥总管。而渐渐地，男宠们围绕下任将军之父的争斗使纲吉陷入了深深的孤独和不安，此时一直在暗中守护她的右卫门佐向她伸出援手，二人终于心心相印。但这并不是等待着他们的最后结局……