故事发生於东京都警视厅一个冷门的闲置部门-特命课，底下有两位成员。杉下右京：高级警官，有敏锐的头脑，却总是和上级意见相左，最後被贬到特命课当个举无轻重的警员。龟山薰：一个布满热情的巡察部长，但在一次任务中，因自己的大意莽撞导致被犯人挟持，事件後他亦被硬塞到搜命课。东京都郊外电视塔下发现一具男屍，死者是知名的新闻播报员，现场留下了一个神秘的记号「6」…。一连串的杀人事件发生，两人试着从嫌犯运用的神秘记号中寻找破案的蛛丝马迹，并且在会员制网站SNS中，发现这些死亡案件都是被预先发布谋杀通知，死者的名字全在名为「处死名单」的留言板上；不仅如此，两周前死於交通事故的检察官也榜上有名，而事故现场也留有「e4」的记号。於是，在东京都警视厅特命课的杉下右京和山薰，受命保护众议院议员片山雏子。雏子遭遇爆炸，所幸安然渡过危险，事发地点又出现另一个记号「d4」。右京认为这是一连串有计划的连续杀人案，记号与下棋有关。因此右京必须和身分不名的嫌犯下西洋棋；很快地，他发现到嫌犯的目标是参加东京都马拉松大赛的3万名跑者和15万名群众。