四名居住在美国纽约的忍者龟战士，意外穿越时空，返回1603年的封建日本。这原来是一名懂魔法的日本军阀所为；另一方面，一名来自一村子的漂亮女战士，带领叛军部队对抗军阀，而忍者龟战士挺身站在正义一边。他们披挂上阵英勇迎敌，团结如兄弟，不畏邪恶与恐吓，斗争到底……