美国总统遭到神秘刺杀后，X教授的练习学校被史崔克将军下令突击，并逮捕数名学生。将军的意图令X教授感到困扰，加上一种会令变种人致命的全新病毒被人类研发出来，引爆两族群间的仇恨与战火。邪恶变种人领袖万磁王，为完成终极的报复行动，为维系变种人的生存，决定向X教授投诚。面对人类与变种人之间的宿怨与仇恨，一场终难避免的大战即将开打了.