讲述了崇祯15年(1642年)瘟疫横行，全国笼罩在恐怖之下的故事。李自成攻打开封，明朝江山内忧外患，孙传庭(戴立忍饰)和吴又可(冯远征饰)分别誓死抗击外寇和瘟疫。 1642年，大明崇祯15年，全国瘟疫横行，十户九死。全国笼罩瘟疫的恐怖阴影下。同时，明朝江山内忧外患，外有李自成攻打开封，内有全国瘟疫横行。崇祯皇帝万不得已将关在死牢内的孙传庭将军释放出来，带兵攻打李自成。 可是全国瘟疫横行，身强力壮的士兵纷纷病倒，几天就不治身亡。军营里面的运尸车一趟一趟的将将士们的尸体运走。江湖游医吴又可临危受命，大胆提出对《伤寒论》的质疑，提出自创一套的祛病方法，创立《瘟疫论》。 大明江山的腐朽已到了不可医治的程度，即使有再好的将领，再医术高明的医生也无法挽回大明朝的去势！